לצד עיסוקיו האקדמיים, כיהן הרשקוביץ כרבה של שכונת אחוזה בחיפה.
הרב דניאל הרשקוביץ הוסמך לרבנות על ידי הרב שאר ישוב כהן, הרב שלמה שלוש והרב נחמיה ראטה (תשנ"ה), ובעל כושר לרבנות שכונה מהרבנות הראשית לישראל (תשס"א).
לפי בקשת הרב בנימין זאב בנדיקט והקהילה הדתית בשכונת אחוזה, החל הרב דניאל הרשקוביץ למלא מניסן תשנ"ז (1997) את מקומו של הרב בנדיקט בפעילויות השונות באחוזה (העברת שיעורי תורה, תשובות לשאלות הלכתיות, מכירת חמץ, סידור חופה וקידושין ועוד).
בניסן תשס"ג (2003) הוכתר הרב דניאל הרשקוביץ רשמית כרבה של השכונה.
הרב הרשקוביץ מעביר שיעורים ביהדות בקהילות שונות בחיפה וברחבי הארץ.
מבחר מאמרים בנושאי יהדות והלכה | 
